Lizarragabengoa ha sido terreno de titularidad privada hasta el siglo XX. En el 1936, los vecinos que vivían en el pueblo compraron a Silberia Zubizarreta las casas, bordas, campos y terrenos de monte, justo en el momento en el que la gerra civil estaba a punto de estallar. En aquel momento vivían en el pueblo un total de nueve familias: la casa de Eugenia, la casa de Axtala, Jakanea, la casa de Mozo, la casa de Turubia, la casa de Domingo, la casa de Ameikeno y la casa de Altxega, así como la casa parroquial en la que vivía el cura.
Luego perteneció administrativamente al valle de Arakil, pero más tarde fue incorporado al municipio de Etxarri Aranatz. Hasta la primera mitad del siglo XIX tuvo peculiaridades administrativas por ser lugar de señorío. En todo caso, en 1607 era su señor Martín de Oteiza. En 1802, aún permaneciendo como señorío, gobernaban sus 52 almas el alcalde y el regidor, nombrados ambos por los vecinos; la jurisdicción criminal correspondía a la real corte.
