El Concejo de Lizarragabengoa tiene 37 habitantes y, en base el artículo 35 de la Ley Foral que regula la Administración Local de Navarra, funciona en régimen de concejo abierto. Por tanto, es la asamblea vecinal la que adopta las decisiones. Dicha asamblea está formada por todas las personas inscritas en el censo de electores del concejo, y es la que elige al alcalde-presidente en la asamblea constitutiva posterior a las elecciones. El presidente del Concejo tiene las mismas competencias que los alcaldes/alcaldesas de los ayuntamientos.